O irmão de Michael Scofield, Lincoln Burrows, está no corredor da morte e será executado em alguns meses, após ser condenado por um assassinato, que Michael está convencido que Lincoln não cometeu. Michael decide assaltar um banco para ser preso e levado para a Penitenciária Estadual Fox River, o mesmo local onde seu irmão está a cumprir pena. Uma vez lá dentro, Michael — um engenheiro estrutural com as plantas da prisão tatuadas no corpo — começa a executar um elaborado plano para libertar Lincoln e provar sua inocência.
1x01 - Pilot
1x02 - Allen
1x03 - Cell Test
1x04 - Cute Poison
1x05 - English, Fitz Or Percy
1x06 - Riots, Drills And The Devil (Part 1)
1x07 - Riots, Drills And The Devil (Part 2)
1x08 - The Old Head
1x09 - Tweener
1x10 - Sleight Of Hand
1x11 - And Then There Were?
1x12 - Odd Man Out
1x13 - End Of The Tunnel
1x14 - The Rat
1x15 - By The Skin And The Teeth
1x16 - Brother's Keeper
1x17 - J-Cat
1x18 - Bluff
1x19 - The Key
1x20 - Tonight
1x21 - Go
1x22 - Flight (Season Finale)